Is there a way to sync multiple box accounts?

Eu tenho a mesma situação e entendo que você quer manter as duas bibliotecas de arquivos separadas para que uma não conte contra a outra conta também. Não acho que você conseguirá fazer isso, pois é contra o interesse da empresa. Caso contrário, as pessoas teriam Terabytes de armazenamento simplesmente expandindo o número de contas em uso.

Não tenho certeza especificamente sobre a sincronização de pastas, mas você pode dar acesso às pessoas através do endereço de e-mail.

Se você for um usuário em todos os três, eles devem aparecer. Você teria que fazer login em todos os três usando qualquer aplicativo que esteja usando. Se você não conseguir fazer isso no seu aplicativo, pode ser necessário sair de uma conta e entrar em outra para que funcione.