Eu comecei a usar o phpDocumentor desde 2010. E essa ferramenta é muito útil para documentar minha biblioteca PHP.

- Facilidade de uso - Geração direta de documentação a partir do código e visibilidade dos comentários de origem - Conexão direta com a hierarquia de classes/namespace - Achei o recurso de geração de UML bastante útil, pois usamos ferramentas de modelagem - Configuração relativamente fácil, mesmo para projetos legados, e suporte via PHARs (legal!) - Gosto do fato de que você apoia seu código gerando sua própria documentação com o PHPDocumentor

phpDocumentor é uma ferramenta e formato de documentação de código muito popular para PHP.