Prós e Contras de Pluto Bio

Plutão facilita para mim organizar meus dados e executar análises de bioinformática, sem precisar programar. Plutão também me permite criar boas figuras representativas por conta própria. Gosto que todos os meus dados possam ser salvos no mesmo lugar e me dá a flexibilidade de criar mais gráficos e interpretações à medida que analiso. Também gosto que eles tenham um recurso de chat responsivo que responde rapidamente às minhas dúvidas. Análise coletada por e hospedada no G2.com.

Seria útil realizar mais tipos de análises estatísticas em Plutão. Análise coletada por e hospedada no G2.com.

Nossa equipe tem pouco conhecimento sobre como analisar dados de transcriptoma usando linguagens de programação complexas (R, Python). Pluto facilita para qualquer um de nós olhar nossos próprios dados e fazer gráficos de barras, gráficos de vulcão, etc. Frequentemente volto e crio novas figuras/análises comparativas em meus conjuntos de dados mais tarde, quando preciso de um novo gráfico. Análise coletada por e hospedada no G2.com.

Eu gostaria de ver ainda mais tipos de análise para escolher no Pluto. Análise coletada por e hospedada no G2.com.

Plutão é útil para compartilhamento de dados e visualização, particularmente para os ensaios biológicos 'simples' que faço. Posso integrar múltiplos ensaios em um único lugar fácil e adicionar tanto imagens quanto texto. É baseado em nuvem, então posso trabalhar nos meus dados de qualquer lugar, até mesmo no meu telefone (o que já fiz antes!). Análise coletada por e hospedada no G2.com.

A barreira para a usabilidade é bastante alta, não consegui integrar tantos colegas quanto gostaria.

Os gráficos não estão prontos para publicação: Quando os valores estão abaixo de 1, não são exibidas casas decimais. As legendas não são editáveis para clareza e não podem incluir unidades.

Na formatação de Dados de Amostra, o Pluto não consegue extrair valores numéricos se o texto estiver incluído. Isso torna impossível adicionar 'alvos' como concentrações (5uM, por exemplo).

Sem modelagem Bliss ou ajuste de curvas para IC50s. Análise coletada por e hospedada no G2.com.

I am an experienced bioinformatics researcher that has personally tried numerous analysis and visualization platforms across several -omics types. A huge advantage of this platform is that it is fully end to end. I haven’t encountered another platform that can process large sequencing files, perform quality control, and generate interpretable and publication-quality analysis.

I have shared data through this platform (which is quite easy) to investigators with limited bioinformatics experience. Despite that shortcoming, the platform is so intuitive that they are easily capable of understanding the analysis to that point and are quickly capable of generating new analyses. Análise coletada por e hospedada no G2.com.

Researchers always want more features and analysis so I would just like to see continued growth. I’ve used this platform for over a year and I have been impressed with the continued growth and development. New experiments and analyses are frequently added, keeping this platform up to date with what is needed for bioinformatics analysis but continued development will be needed.

Extensive quality control is performed. However, because so much information is generated, it can be difficult to quickly know if there are issues with the data. QC notifications could be one area for improvement. Análise coletada por e hospedada no G2.com.

A parte mais útil do Pluto é a seção de métodos que acompanha cada figura. Foi tão fácil escrever o manuscrito quando cada figura tem exatamente o que foi feito para criá-la. Análise coletada por e hospedada no G2.com.

Realmente não havia nada de que eu não gostasse, a única coisa que eu gostaria de ver são mais opções para exibir dados. Análise coletada por e hospedada no G2.com.

Pluto makes running the more mundane processing parts of NGS analysis easy with very little hands on time from the user. As someone who is a bioinformatician, I do not enjoy running the basic parts of informatics analyses (such as QC and generation of counts matrices), and Pluto allows me to spend a couple minutes uploading the data so I can focus on the more intricate parts of downstream analysis analyses and on software development. They provide very thorough and comprehensive QC metrics, so that if I need to modify or rerun the pipeline, I can easily do that by making a copy of the experiment, changing a couple of parameters, and re-running based on the QC issues I see. I can seriously do this in under 5 minutes of my time. I also think the ability to import GEO studies from fastq through analysis is very powerful and saves me a lot of time trying to download fastqs and dealing with internet bandwidth issues from SRA and re-analyze them to be concordant with the pipelines and parameters I want to use; the platform makes running reproducible analysis much more steamlined. Análise coletada por e hospedada no G2.com.

I would like to see either more tutorials/docs/video, of how to interpret different portions of the multiqc report and example of when I should be concerned about the QC. Additionally, more experiment types would be great -- some type of streamlined variant calling pipeline (particularly for cancer studies) or scRNA-seq analsis would be nice. Análise coletada por e hospedada no G2.com.

It's a wet-lab scientist-friendly platform that reduces steps toward the actual analysis!

And staff from pluto are available and pretty responsive for troubleshoot whenever needed Análise coletada por e hospedada no G2.com.

More webinars would be appreciated considering the diverse aspects you can explore on the platform. And if it can reflect single cell technology which becomes one of the standard, it would be awesome Análise coletada por e hospedada no G2.com.

Pluto allows collaboration across teams. It is very helpful to have all data pertaining to a certain sample visualised in one place. It is a great addition to ELN software where the focus is on protocols and record-keeping rather than visualisation and collaboration. Análise coletada por e hospedada no G2.com.

When adding new data to Pluto for technical repeats of experiments, a completely new file needs to be uploaded and graphs need to be remade which takes a bit of extra time.

Additionally, decimals are not displayed in graphs on the y-axis. Análise coletada por e hospedada no G2.com.

Loja única para todas as minhas necessidades de sequenciamento de RNA sem a necessidade de ser um bioinformático. Análise coletada por e hospedada no G2.com.

Nada realmente. Talvez no início algumas coisas tivessem bugs, mas a equipe deles tem sido incrível em consertá-los, então não é mais um problema... Análise coletada por e hospedada no G2.com.

Eu amo como é fácil criar um gráfico a partir de dados de RNAseq em massa. Análise coletada por e hospedada no G2.com.

Eu gostaria que houvesse um botão de exclusão para projetos feitos por engano na interface do usuário. Análise coletada por e hospedada no G2.com.