How is the best practice to account for a prepayment when you don't have the invoice yet in AR.

Depende - você realizou o trabalho ou entregou o produto e apenas não faturou o cliente? Então, eu registraria como contas a receber não faturadas. Se for pré-pagamento para entregas futuras, então receita diferida deve ser usada.

Depende - você realizou o trabalho ou entregou o produto e apenas não faturou o cliente? Então, eu registraria como contas a receber não faturadas. Se for pré-pagamento para entregas futuras, então receita diferida deve ser usada.

Eu registraria isso como um adiantamento de pagamento, se você já criou um lote de recibos para aquele dia, isso tornará muito mais fácil.