Can we save our process if we don't save a project?

Sim, você pode salvar todo o seu ambiente ou objetos específicos como arquivos .RDS. Arquivos RDS contêm um ou mais objetos R. Isso é muito útil se você deseja salvar apenas resultados intermediários. Eu uso para armazenar grandes tabelas que, se lidas diretamente do formato csv, demorariam mais para carregar. Outro uso para mim é armazenar modelos de previsão que levam horas para treinar.

Existem muitas maneiras de salvar resultados enquanto um script R é executado, veja a função saveRDS do R como um exemplo. Para perguntas como esta sobre R, um ótimo lugar para visitar é community.rstudio.com.