What is the best way to save your queries?

controle de fonte

Salve-os como arquivo txt na pasta padrão do servidor SQL.

Você pode criar um projeto de Banco de Dados e adicioná-lo a qualquer controle de versão como o Git, que manterá as versões corretamente, também é possível recuperá-las quando necessário com o histórico de modificações.

Eu recomendo que você use as consultas salvas em texto simples ou formato .sql ou .txt, você pode usar o mesmo criador de consultas do servidor SQL ou uma ferramenta como o Notepad +++, são minhas recomendações para evitar quaisquer espaços em branco que você gere no Word e que o processador de texto possa adotar um formato estranho na sua instrução SQL e gerar um erro de sintaxe.