What is the best way to merge storyboards with other users? Do you just build dynamic layouts?

Definitivamente no hay una "mejor manera", solo depende del producto que estés construyendo. Dicho esto, prefiero los diseños programáticos frente al storyboard. Si tengo que usar storyboard con un equipo, requiere una planificación cuidadosa. Generalmente, mantenemos una relación de uno a muchos entre desarrolladores y storyboards. Puedo tener propiedad sobre 5 pantallas de storyboard pero solo yo tengo propiedad sobre ellas. De esa manera, los conflictos de fusión se minimizan considerablemente.