What is the best way to save your queries?

GITHUB control de código fuente

Guárdalos como archivo txt en la carpeta predeterminada del servidor SQL.

Puedes crear un proyecto de base de datos y añadirlo a cualquier control de versiones como Git, que mantendrá las versiones correctamente, también puedes recuperarlas cuando sea necesario con el historial de modificaciones.

Recomiendo que utilices las consultas guardadas en formato de texto plano o .sql o txt, puedes usar el mismo creador de consultas de sql server o una herramienta como notepad +++, son mis recomendaciones para evitar cualquier espacio en blanco que se genere en word y que el procesador de texto pueda tomar un formato extraño en tu declaración sql y generar un error de sintaxis.